Toinha,
Correto, deve enviar pelo CNPJ da Matriz.
Quanto aos estabelecimentos, ver a seguir:
Ficha 54 - Discriminação da Receita de Vendas dos Estabelecimentos por Atividade Econômica
Esta Ficha será habilitada para todas as pessoas jurídicas e é composta por: Área de Entrada de Dados, Grade e Botões, que serão acionados para incluir, excluir ou alterar informações. A Grade é composta das colunas: "CNPJ do Estabelecimento", "Receita de Vendas de Bens e Serviços do Estabelecimento" e "CNAE Preponderante do Estabelecimento".
A inclusão das informações deverá ser feita na área de entrada, localizada na parte superior da tela, onde a pessoa jurídica deverá prestar informações relativas aos seus estabelecimentos nos campos a seguir, de acordo com as seguintes orientações:
a) CNPJ do Estabelecimento
Informar neste campo o número de inscrição no Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica (CNPJ) da matriz e de cada um dos estabelecimentos da pessoa jurídica.
b) Receita de Vendas de Bens e Serviços do Estabelecimento
Informar neste campo o valor total da receita decorrente das vendas de bens e serviços realizadas pelo estabelecimento, deduzidas das vendas canceladas, devoluções e descontos incondicionais concedidos na Nota Fiscal.
Atenção:
Para fins de preenchimento deste campo, o valor decorrente das transações efetuadas entre estabelecimentos da mesma pessoa jurídica não deve ser computado como receita de vendas.
c) CNAE Preponderante do Estabelecimento
Informar neste campo o código da atividade econômica do estabelecimento, conforme Tabela de Atividade Econômica disponível na Caixa de Combinação. Se houver mais de uma atividade, indicar o código correspondente à receita de vendas preponderante do estabelecimento.
A descrição do campo CNAE é fornecida pelo Programa Gerador da DIPJ (PGD), com consonância com o código informado. Acesse http://www.cnae.ibge.gov.br para uma pesquisa completa da atividade econômica a ser informada.
d) Valor Total da Receita de Vendas da PJ
Este campo será preenchido automaticamente pelo PGD e indicará o valor correspondente ao total da receita de vendas de bens e serviços deduzidas das vendas canceladas, devoluções e descontos incondicionais concedidos na Nota Fiscal, informado em outra(s) Ficha(s) desta declaração.
Fonte : Menu Ajuda da DIPJ2013