Lucro Presumido

Estou com uma dúvida, um empresa é optante pelo lucro presumido, e ela vende mercadoria subs. tributária e mercadoria tributada. Uso o sistema Domínio, e no demonstrativo do IRPJ ou uma distinção no faturamento, a mercadoria com substituição tributária, a alíquota da base de cálculo foi 8% ( o correto) e na mercadoria tributada a alíquota foi 100%. Minha dúvida se está certo, o sistema usar 100% na mercadoria tributada? (a empresa é uma madeireira)

Cara geralmente as mercadorias com subst. tributária do ICMS, o PIS e a CONFINS são também zerados. Logo só é tributado trimestralmente IRPJ e CSLL.

Por exemplo meu faturamento é de 1.000.000,00, para achar a base de cálculo multiplico por 8% correto? No meu sistema, ta assim, por exemplo: 500.000,00 receita bruta sujeita ao percentual de base de cálculo de 8% ( substituição tributária), e 500.000,00 receita bruta sujeita ao percentual de base de calculo de 100% (mercadoria tributaria) Isso é correto ?