Bom dia Dalvan
Você citou a emissão de notas, nesse caso, acredito que seria necessário realmente retificar as informações das declarações, pois elas foram feitas sem movimentos e a empresa teve movimentações, bem como também terão que recolher os impostos sobre as notas com os acréscimos legais. Porém como se trata de uma situação delicada, acredito que seria melhor caminho você entrar em contato com os respectivos órgãos como a Receita Federal e o Posto Fiscal para prestar melhores esclarecimentos, acredito que eles vão saber lhe conduzir melhor para uma solução viável do seu problema.
espero ter contribuído!
"Bem-aventurado o homem que acha sabedoria, e o homem que adquire conhecimento;"
Provérbios 3:13
Tecnólogo em Gestão Financeira
Pós-Graduado em Direito Tributário em Contabilidade
Atividades: Consultoria Financeira, de Custos e Gestão Fiscal/Tributária