Boa noite Monica,
Conforme você colocou, a pergunta primordial não é se ele terá problemas e sim se está correto na atitude tomada.
Isto porque "problemas" provavelmente não tenha, posto que a fiscalização está muito "gorda" para movimentar-se até o estabelecimento em questão e verificar "in loco" que a operação está comprovadamente errada. E como não dá para detectar o erro sem ter o documento em mãos...
No entanto, há nisto a postergação descarada dos impostos estaduais e federais venciveis em Outubro e Novembro para o mês de Dezembro, além da desobediência ao Princípio da Competência.
Vale dizer que não há como a contabilidade ser conivente com o erro quando tem a obrigação de orientar.
Pelo exposto, solicite uma reunião com os interessados e aconselhe a anulação imediata da Nota Fiscal e - como alternativa - a emissão de outra nos mesmos valores (se for o caso) mas sem a descrição das competências.
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