Os pagamentos de Pró-Labore, como todos os outros pagamentos de pessoa jurídica para pessoa física, excetuando-se alguns casos, sofre tributação pela tabela progressiva do IR.
Veja, o que diz o art.636 do RIR/99:
Art. 636. Os rendimentos efetivamente pagos aos sócios ou ao titular da microempresa e empresa de pequeno porte, correspondentes a pro labore, aluguéis ou serviços prestados sujeitam-se à incidência do imposto na fonte, calculado na forma do art. 620 (Lei nº 9.317, de 1996, art. 25).
Para as demais empresas, no meu entendimento, prevalece os arts. 624 e 628 do mesmo regulamento.
Art. 624. Estão sujeitos à incidência do imposto na fonte, calculado na forma do art. 620, os rendimentos do trabalho assalariado pagos por pessoas físicas ou jurídicas (Lei nº 7.713, de 1988, art. 7º, inciso I).
Art. 628. Estão sujeitos à incidência do imposto na fonte, calculado na forma do art. 620, os rendimentos do trabalho não-assalariado, pagos por pessoas jurídicas, inclusive por cooperativas e pessoas jurídicas de direito público, a pessoas físicas (Lei nº 7.713, de 1988, art.7º, inciso II).