Fabiana S. de Godoy no caso do iss ela teria que fazer pela prefeitura, de uma olhada no portal do simples nacional no link abaixo em perguntas e resposta no campo de parcelamento.
O parcelamento será solicitado:
à RFB, exceto nas situações descritas nas hipóteses seguintes;
à PGFN, quando o débito estiver inscrito em Dívida Ativa da União (DAU);
ao Estado, Distrito Federal (DF) ou Município, com relação ao débito de ICMS ou de ISS:
transferido para inscrição em dívida ativa estadual, distrital ou municipal, quando houver convênio com a PGFN nos termos do § 3º do art. 41 da Lei Complementar nº 123, de 2006. A relação dos entes que fizeram o convênio será divulgada mensalmente no Portal do Simples Nacional.
lançado individualmente pelo Estado, DF ou Município, na fase transitória da fiscalização - antes da disponibilização do Sistema Único de Fiscalização (Sefisc). O parcelamento desses débitos obedecerá inteiramente à legislação do respectivo ente;
devido pelo Microempreendedor Individual (MEI) .
Nota:
A RFB disponibilizou o pedido do parcelamento em seu âmbito, pela internet, em 2 de janeiro de 2012.
http://www8.receita.fazenda.gov.br/simplesnacional/perguntas/perguntas.aspx