Tributação Monofásica Grupo O Boticário

Olá amigos, eu fiz uma pesquisa no fórum e lí bastante sobre tributação monofásica, mas ainda me restaram algumas dúvidas.
Primeiramente deixem-me explicar minha situação.
Sou contador de 5 empresas do grupo O boticário, sendo 3 tributadas pelo lucro presumido e 2 pelo simples nacional.
Eu desconhecia totalmente o assunto sobre tributação monofásica, e ao conversar com uma outra contadora de uma outra empresa do grupo que também desconhecia sobre isso.
Após ler bastante percebi que a maioria dos produtos comercializados pelo grupo são monofásicos, e eu estava enviando PIS e Confins indevidamente para meus clientes.
Estou sem saber por onde começar, preciso de ajuda de alguém mais por dentro do assunto, tenho muitas dúvidas.
Devo retificar todas as DCTFs passadas e depois pedir devolução dos valores pagos?
Devo retificar as declarações Sped Contribuições também?
Desde quanto?
Isso pode gerar alguma multa para as empresas?
E as empresas do Simples Nacional, como pode ser feito?

alguém pode me dar uma ajudinha?

Desde já agradeço.
Jhonatas