Boa tarde Wilker,
Apenas para constar e já que você mesmo se corrigiu, a lei que extinguiu o Simples Federal e instituiu o Simples Nacional foi a Lei Complementar 123/2006 e não a acima mencionada.
A legislação que trata da exclusão (por opção ou de oficio), os motivos que a provoca, os efeitos e as penalidades para empresas optantes no Simples Nacional é a Resolução CGSN 15/07
Os incisos V, XI e XII do artigo 5º ensejam a exclusão de Oficio. Vale dizer que a empresa será notificada da exclusão e nesta notificação constarão os motivos.
Já os incisos do Artigo 6º preceituam os efeitos da exclusão. No seu caso, a meu ver, os efeitos da exclusão retroagirão á data do ingresso no sistema.
Vale dizer que a empresa deverá calcular e recolher todos os impostos com base na tributação do Lucro Presumido ou Real, desde a data da inclusão no Simples.
Tais impostos e contribuições sofrerão multas e juros pelo atraso. No entanto futuramente você poderá compensar os valores já pagos no Simples Nacional com os impostos correspondentes em outra forma de tributação. Para tanto, aguarde nova versão do programa Per/Dcomp que permita a referida compensação.
Penalidades
Lê-se no Artigo 18 da Resolução CSGN 30/08 que:
Art. 18. A falta de comunicação, quando obrigatória, da exclusão da ME ou EPP do Simples Nacional, nos termos do art. 3º da Resolução CGSN nº 15, de 23 de julho de 2007, sujeitará a ME ou EPP a multa correspondente a 10% (dez por cento) do total dos impostos e contribuições devidos de conformidade com o Simples Nacional no mês que anteceder o início dos efeitos da exclusão, não inferior a R$ 500,00 (quinhentos reais), insusceptível de redução.
Vale dizer que sua empresa além de recolher os impostos em atraso, está sujeita (ainda) a penalidade acima mencionada. Verifique.
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