Bom dia, Marcio Rezende.
1º - TOMADOR DE SERVIÇOS. A obrigação de reter as CRF é do tomador do serviço; se ele não fez a retenção (R$ 1.000,00 x 4,65% = R$ 46,50, no seu ex.), o prestador de serviço não tem nenhuma responsabilidade. No entanto, a RFB poderá notifica-lo cobrando a multa (até 20% sobre R$ 46,50 = 9,30) pela não retenção e recolhimento, pois isto é uma obrigação fiscal do tomador de serviço.
2º - PRESTADOR DE SERVIÇOS (que é a sua situação). Como ele recebeu o valor integral do serviço (R$ 1.000,00, no ex.) e tributou normalmente os R$ 1.000,00 (pois não houve a retenção pelo tomador de serviço para poder compensar R$ 46,50), o tributado devido foi oferecido à tributação.
Portando, o tributo foi recolhido pela sua empresa como o Prestador de Serviço sobre os R$ 1.000,00 (4,65% R$ 46,50) no final do mês; porém como o Tomador de Serviço não cumpriu com sua parte na obrigação fiscal (de fazer a retenção e recolher - cometeu esta infração fiscal), a RFB vai cobrar a multa do Tomador do Serviço (só a multa R$9,30), pois o principal a empresa do Prestador de Serviço já tributou (R$ 46,50).
Caro colega, ainda a título de esclarecimento, somente haverá retenção na sua empresa (Prestadora de Serviços) se ela for tributada pelo Lucro Presumido ou pelo Lucro real. Se sua empresa estiver no SIMPLES NACIONAL ela não se sujeita as retenção estabelecidas. Neste caso está isenta de retenção!!
Fonte:
. Lei nº 10.833/2003, art. 29 e 30
. IN-SRF nº 459/2004
. RIR/1999, art. 197, 647 §1º e 681 §§1º e 2º.
Abraços.