Divergencia nas declarações Federais.

Boa Tarde.

Tudo Bem?

Estou em um seguinte dilema.

Um determinado cliente optante pelo lucro presumido não emitiu todas as notas fiscais de serviços prestados (notando que é uma clinica medica) e não informou ao escritório o valor de todas as suas receitas auferidas nos meses anteriores.

Agora há uma divergência de dados pois o que ele recebeu dos seus clientes em operações com cartão de credito é quase o dobro do faturamento de notas emitidas, e a Receita Federal cruzou os dados passados pela administradora de cartões x a declarações e notas emitidas e já notificou a divergência de dados,

Agora minha duvida é como devo proceder corretamente para evitar transtornos futuros entre o cliente e o fisco.

As notas fiscais de serviços não serão possível mais levando em conta que o período mensal já está fechado, e como corrigir todas as declarações transmitidas?

Posso recolher a diferença tributaria por regime de caixa? e como farei uma fez que nas declarações entregues informei o regime de competência?

grato.