Pagamento de DARF 6808 (CND)

Ola amigos.
Tenho um cliente que tinha uma darf 6808 impedindo a emissão de cnd da receita, e ja fazem 10 dias que a Darf foi paga, inclusive já foi reconhecido o pagamento pelo sistema no E-CAC, mas continua constando esta Darf nas pendências da empresa. Alguém já passou por isso? A "baixa" de Darfs com este código não deveria ser automática assim que recohecido seu pagamento? Desde já agradeço