Boa tarde Sandra,
A diferença entre o valor dos bens constantes na última DIRPF do falecido e aquele constante da Declaração de Espólio, configura ganhos de capital, pois está implícita a intenção de atualizar valores para posterior partilha.
O simples fato de seu cliente "ter conseguido" atualizar o valor do imóvel, não elide a obrigação da apuração do ganho de capital e consequente recolhimento do imposto.
Este entendimento já foi repetidas vezes externado em dispositivos legais e inclusive consta da resposta dada pela Receita Federal à Pergunta 539 cuja parte que interessa, transcrevo:
Na transferência do direito de propriedade por sucessão, nos casos de herança ou legado, deve ser observado o seguinte:
a) se os bens ou direitos forem transferidos por valor superior ao anteriormente declarado, a diferença positiva entre o valor de transmissão e o valor constante na última Declaração de Bens e Direitos do de cujus ou o custo de aquisição, é tributada à alíquota de 15%;
a.1) nesta hipótese, o contribuinte do imposto é o espólio, devendo ser preenchido, utilizando-se o programa gerador específico, o Demonstrativo da Apuração dos Ganhos de Capital e exportado o resultado para a Declaração Final de Espólio;
a.2) o imposto deve ser pago até a data prevista para a entrega da Declaração Final de Espólio;
a.3) o Darf do pagamento do imposto deve ser preenchido em nome do espólio;
b) se a transferência for pelo valor constante na última Declaração de Bens e Direitos do de cujus, não há ganho de capital no ato da transferência;
c) a opção pelo valor constante na última Declaração de Bens e Direitos do de cujus ou por valor superior a este será feita em relação a cada um dos bens transferidos;
d) o herdeiro ou legatário deve incluir os bens ou direitos, em sua Declaração de Bens e Direitos, pelo valor de transmissão, o qual constitui custo para efeito de apuração de ganho de capital numa eventual alienação futura.
Atenção: Para efeito de apuração do limite de isenção, na alienação de bens de pequeno valor até R$ 35.000,00, devem ser somados os valores de transferência de todos os bens de mesma natureza.
Para alienações ocorridas após 16 de Junho de 2005, consulte a pergunta 595.
(Decreto nº 3.000, de 26 de março de 1999 - Regulamento do Imposto sobre a Renda - RIR, arts. 119, 121, I, 122, 129,inciso III, "a"; Instrução Normativa SRF nº 84, de 11 de outubro de 2001, arts. 3º, inciso II e 29, inciso II)
Consulte também a Pergunta 106 e a 582
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