Simples Nacional x Substituição tributária

Tenho a seguinte situação:

Empresa X - Distribuidor São Paulo (optante ou não pelo Simples, substituído)
Empresa Y - Revenda para consumidor final Roraima (optante pelo Simples, substituído)

A Empresa Y comprou uma mercadoria da Empresa X.
Na nota fiscal, veio com o CST 060 (Nacional, ICMS cobrado anteriormente por substituição tributária) , mas não veio nenhuma informação referente ao valor da substituição.
Presumo que a empresa X seja substituída e o ICMS foi recolhido pelo fabricante.

As questões são:
1. Quando a Empresa Y vender esta mercadoria e for apurar o imposto do Simples, ela vai poder informar esta receita na parte "com substituição tributária", fazendo com que não integre a base de cálculo do ICMS no Simples?
2. Posso ter algum problema com a fazenda estadual em Roraima, uma vez que não sei se o imposto recolhido por substituição veio para os cofres deles?
3. Qual seria o CSOSN para emissão da NF pela empresa Y?
4. Os procedimos se aplicam em todos os casos com CST de substituição ou somente nas mercadorias que constam no RICMS do estado da empresa Y?

Jose,

Caso tenha protocolo/convênio entre os Estados, a empresa X deverá fazer a substituição tributária, ainda que tenha adquirido a mercadoria com o imposto retido pelo fabricante, conforme transcrito do Convênio 81/93 (sugiro a leitura do mesmo):

Cláusula segunda Nas operações interestaduais realizadas por contribuinte com as mercadorias a que se referem os correspondentes Convênios ou Protocolos, a ele fica atribuída a responsabilidade pela retenção e recolhimento do imposto em favor do Estado destinatário, na qualidade de sujeito passivo por substituição, mesmo que o imposto já tenha sido retido anteriormente.

Para isso, a empresa X teria ressarcido o valor pago pela fabricante e, após isso, venderia para Roraima com a substituição tributária em favor deste estado (havendo protocolo/convênio).

Considerando a situação acima, a sua empresa provavelmente seria solidariamente responsável pelo recolhimento do imposto (verificar legislação interna) por substituição tributária, devendo recolhe-lo na entrada, por antecipação. Nas respectivas saídas, tendo feito isto, poderá vender essas mercadorias e na apuração do Simples declarar a receita como sujeita a substituição tributária.

Caro, Leonardo.

Excelente explicação. Sanou minhas dúvidas.

Muito Obrigado.