Oi Karine,
O que deverá ser oferecido à tributação é apenas o lucro ou ganho de capital apurado na venda de bens do Ativo Permanente de empresas enquadradas no Simples e não o valor total da operação.
Ou seja, você precisará apurar o lucro (ganho) que será determinado pela diferença entre o custo de aquisição do bem menos as quotas de depreciação já acumuladas e o valor total da venda. (Veja Nota abaixo)
Sobre este valor (sobre o ganho) a alíquota incidente é de 15% e a receita é considerada como eventual a despeito de ser operacional, ou seja, não faz parte do faturamento normal da empresa.
Veja o que diz a Receita Federal a este respeito em resposta a questão Nº 123;
123 Como serão tributados os rendimentos, os ganhos líquidos e os ganhos de capital auferidos pela pessoa jurídica inscrita no Simples?
Os ganhos e rendimentos auferidos em qualquer das citadas modalidades são tributados consoante as regras a seguir:
a)...
b)...
c) os ganhos de capital auferidos em alienações de bens do ativo permanente da pessoa jurídica e de ouro não considerado ativo financeiro, resultantes da diferença positiva obtida entre o valor da alienação e o valor contábil, expressos em reais, serão tributados à alíquota de 15% (quinze por cento), sendo recolhidos pela própria pessoa jurídica, até o último dia útil do mês subseqüente ao da percepção dos ganhos.
NOTAS:
Código de Receita de Ganho de Capital: 6297Valor contábil é o valor de aquisição diminuído da depreciação, amortização ou exaustão acumulada e, no caso de investimentos, considerado o ágio ou deságio.