Boa tarde!
Em regra geral, para fins de concessão de certidões negativas municipais o fisco consulta toda a sua base, incluindo-se inclusive eventuais débitos de IPTU, por exemplo.
Essa impossibilidade de emissão também pode estar ligada a uma ausência/omissão de obrigação acessória, ou então, na falta de pagamento de impostos retidos de terceiros, ou até mesmo de taxas oriundas do alvará de localização.
Bom as possibilidades são variadas, sendo assim terás que analisar o caso concreto, ou seja, se dirigir até a fazenda para verificar os impedimentos, ou então fazer a consulta no portal do fisco municipal, se existir.
Denis Szarkow.
http://www.simplifiquecontadores.com.br/