Carlos Augusto,
Caso a apuração do IPI (Débitos - Créditos) resulte em saldo credor no final do período, o valor deste saldo credor, pode ser compensado com qualque imposto administrado pela SRF, no caso o PIS/COFINS é um destes impostos, veja abaixo matéria do IOB sobre isto:
Direito à compensação
2.1 Vedação
2.2 Compensação de créditos
O sujeito passivo que apurar crédito, inclusive o reconhecido por decisão judicial transitada em julgado, relativo a tributo ou contribuição administrados pela SRF, passível de restituição ou de ressarcimento, poderá utilizá-lo na compensação de débitos próprios, vencidos ou vincendos, relativos a quaisquer tributos e contribuições administrados pela SRF.
A compensação será efetuada pelo sujeito passivo mediante apresentação à SRF da Declaração de Compensação gerada pelo Programa PER/DCOMP, versão 3.2, ou, na impossibilidade de sua utilização, mediante a apresentação à SRF do formulário Declaração de Compensação, de modelo oficial, ao qual deverão ser anexados documentos comprobatórios do direito creditório.
A compensação declarada à SRF extingue o crédito tributário sob a condição resolutória da ulterior homologação do procedimento.
A Declaração de Compensação constitui confissão de dívida e instrumento hábil e suficiente para a exigência dos débitos indevidamente compensados.
(Instrução Normativa SRF nº 600/2005 , art. 26 , §§ 1º, 2º e 4º, Instrução Normativa SRF nº 729/2007 e Ato Declaratório Executivo Cotec nº 5/2007)
2.1 Vedação
Não poderão ser objeto de compensação:
a) o débito apurado no momento do registro da DI;
b) o débito que já tenha sido encaminhado à PGFN para inscrição em Dívida Ativa da União;
c) o débito consolidado em qualquer modalidade de parcelamento concedido pela SRF;
d) o débito que já tenha sido objeto de compensação não homologada, ainda que a compensação se encontre pendente de decisão definitiva na esfera administrativa;
e) o débito do sujeito passivo para com a Fazenda Nacional com crédito de terceiro;
f) o débito e o crédito que não se refiram a tributos e contribuições administrados pela SRF;
g) o crédito que não seja passível de restituição ou de ressarcimento;
h) o crédito do sujeito passivo para com a Fazenda Nacional reconhecido por decisão judicial que ainda não tenha transitado em julgado;
i) o valor objeto de pedido de restituição ou de ressarcimento já indeferido pela autoridade competente da SRF, ainda que o pedido se encontre pendente de decisão definitiva na esfera administrativa;
j) o valor informado pelo sujeito passivo em Declaração de Compensação apresentada à SRF, a título de crédito para com a Fazenda Nacional, que não tenha sido reconhecido pela autoridade competente da SRF, ainda que a compensação se encontre pendente de decisão definitiva na esfera administrativa; e
l) outras hipóteses previstas nas leis específicas de cada tributo ou contribuição.
(Instrução Normativa SRF nº 600/2005 , art. 26 , § 3º)
Abraços...