Boa tarde João,
Todos as compensaçãoes devem ser feitas com o uso da PER/SCOMP. e´o que diz o artigo 2º da Instrução Normativa SRF nº 517, de 25 de fevereiro de 2005;
"Art. 2º O sujeito passivo que apurar crédito relativo a tributo ou contribuição administrados pela SRF, passível de restituição ou de ressarcimento, e que desejar utilizá-lo na compensação de débitos próprios relativos aos tributos e contribuições administrados pela SRF ou ser restituído ou ressarcido desses valores deverá encaminhar à SRF, respectivamente, Declaração de Compensação, Pedido Eletrônico de Restituição ou Pedido Eletrônico de Ressarcimento gerados a partir do Programa PER/DCOMP 1.6, nas seguintes hipóteses:"
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Em "Informação Gerais" sobre o assunto a Receita Federal se manifesta da seguinte maneira:
"O sujeito passivo poderá utilizar, na compensação de débitos próprios relativos aos tributos e contribuições administrados pela SRF, créditos que já tenham sido objeto de pedido de restituição ou de ressarcimento encaminhado à SRF, desde que referido pedido se encontre pendente de decisão administrativa à data do encaminhamento da "Declaração de Compensação".
O pedido de compensação de tributo ou contribuição lançado de ofício importa renúncia às instâncias administrativas, ou desistência de eventual recurso interposto.
Constatada pela SRF a compensação indevida de tributo ou contribuição já confessado ou lançado de ofício, o sujeito passivo será comunicado da não-homologação da compensação e intimado a efetuar o pagamento do débito no prazo de trinta dias, contado da ciência do procedimento."
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Diante do acima exposto, fica claro que você deve preencher a PER/DCOMP e considerar o débito compensado (inclusive contabilmente) como se seu processo aprovado fosse, até que a Receita Federal homologue o referido processo e lhe comunique por escrito.
Não espere que a Receita Federal vá lhe informar se pode ou não compensar o crédito com um débito que tenha para pagar, em um prazo muito curto. Aqui na Superintendência da 9ª Região a receita tem levado em média 4 (quatro) anos para isto, e ao que parece nas outras Regiões não é muito diferente.
O que você tem a fazer, (por orientação da própria Receita até) é pedir a compensação e considerar o débito pago até que haja manifestação da decisão da Receita no sentido de ter homologado a seu favor o referido processo. Até lá, guarde toda a documentação referente ao processo para futuras consultas (se for o caso).
Se você pediu a compensação de um débito com um crédito que tinha, e acabou pagando o referido débito sem utilizar a compensação, continua tendo o crédito. Logo, a meu ver, deverá elaborar outra PER/DCOMP para compensar outro débito e considerar este pago até que a Receita Federal se manifeste.
Faça os lançamentos contábeis (a baixa do débito com o uso de crédito) mencionando detalhes da PER/DCOMP.
Provavelmente a primeira PER/DCOMP entregue será anulada e você notificado que o débito primeiro inexiste (pois você acabou pagando). No entanto o segundo pedido de compensação será homologado.