Rene, boa tarde!
A empresa provavelmente perdeu a opção no dia 31/12/2014.
Com a regularização dos débitos através do parcelamento, você deveria ter efetuado o pedido de opção do simples, visto que a mesma tinha perdido em 2014.
Caso o pedido de opção pelo simples tenha sido realizado, verifique se esses débitos constavam no pedido de parcelamento que foi feito junto a RFB. Verifique se a primeira parcela do parcelamento foi recolhida.
Veja tbm se a empresa possui alguma divida ativa no procuradoria geral da fazenda Nacional (PGFN - é possível visualizar com o certificado digital).
Caso não tenha nenhum debito ou primeira parcela foi recolhida, vc deverá entrar com pedido junto a RFB. Não há formulário para isso. Junte todos os documentos necessários e protocole na unidade de sua jurisdição, leve também o pedido de opção pelo simples.
Caso não tenha sido realizado a solicitação de opção, sinto informar, mas provavelmente nada poderá ser feito nesse caso.
Att.