Elton,
Na sistemática do lucro presumido, a empresa não irá pagar apenas um DARF, e sim vários.
Você deverá recolher o DARF nos seguintes códigos:
2372 Para o recolhimento da C.S.L.L. (recolhimento trimestral). O vcto. será o último dia útil do mês seguinte ao de encerramento do trimestre.
2089 Para o recolhimento do I.R.P.J. (recolhimento trimestral). O vcto. será o último dia útil do mês seguinte ao de encerramento do trimestre.
2172 Para o recolhimento da Cofins (recolhimento mensal). O vcto. será o último dia útil do segundo decêndio do mês seguinte.
8109 Para o recolhimento do PIS/PASEP (recolhimento mensal). O vcto. será o último dia útil do segundo decêndio do mês seguinte.
Estes são os principais impostos.
Para mais detalhes, de uma olhada aqui no Fórum para ver o que há sobre o assunto.
Se persistirem as dúvidas, volte a postar.