Bom dia Anderson,
Você está se referindo a uma NF-e que representa uma Venda de Produto Industrializado e Prestação de Serviços, certo?
Se sim, o valor da Base de Cálculo para Retenção do PIS/COFINS/IR/CSLL, será somente o valor do serviço, por exemplo:
Valor das mercadorias: R$ 100,00
Valor do IPI: R$ 10,00
Valor dos serviços: R$ 50,00
Valor total da nota: R$ 160,00
No exemplo acima, a base será de R$ 50,00.
Base de cálculo
A base de cálculo da Contribuição para o PIS/Pasep e Cofins, com a incidência não-cumulativa, é o valor do faturamento mensal, assim entendido o total das receitas auferidas pela pessoa jurídica, independentemente de sua denominação ou classificação contábil (Lei nº 10.637, de 2002, art 1º, §§ 1º e 2º e Lei nº 10.833, de 2003, art. 1º, §§ 1º e 2º).
Exclusões ou deduções da Base de Cálculo
Para fins de determinação da base de cálculo, podem ser excluídos do faturamento, quando o tenham integrado, os valores: (Lei nº 10.637, de 2002, art 1º, §3º e Lei nº 10.833, de 2003, art. 1º, § 3º; IN SRF nº 247, de 2002, art. 24):
das receitas isentas ou não alcançadas pela incidência da contribuição ou sujeitas à alíquota 0 (zero);
das vendas canceladas;
dos descontos incondicionais concedidos;
do IPI;