Como já foi dito, o valor imposto que não é incluso no valor do produto (ST-ICMS e IPI), não deve ser somado como Receita, além disto quando informar a receitas, o substituto tributário, deve informar estas receitas com "Sem Substituição Tributária", pois o ICMS Normal da indústria deve ser calculado dentro do Simples.
Você tem calculado o Simples Nacional da Indústria de forma errada até hoje.
http://www8.receita.fazenda.gov.br/SIMPLESNACIONAL/perguntas/perguntas.aspx
6.6. Como deverão ser informadas, no aplicativo de cálculo, as receitas decorrentes de operações com mercadorias sujeitas à substituição tributária, pelos contribuintes optantes pelo Simples Nacional?
na condição de substituto tributário do ICMS:
Comércio Atacadistata - As receitas correspondentes à revenda de mercadorias sujeitas à substituição tributária deverão ser informadas no aplicativo de cálculo como “revenda de mercadorias SEM substituição tributária”;
Indústria - As receitas correspondentes à venda de mercadorias por ela industrializadas sujeitas à substituição tributária deverão ser informadas no aplicativo de cálculo como “venda de mercadorias industrializadas SEM substituição tributária”.
Observações:
1. Neste caso haverá valor a recolher de ICMS próprio referente às receitas que se enquadrem nesta condição.
2. Contribuinte substituto é aquele que é responsável pelo pagamento do imposto devido nas etapas subsequentes.
3. O contribuinte substituto deverá recolher o imposto de responsabilidade própria “por dentro do SN”, sendo que o imposto devido de responsabilidade por substituição tributária será calculado nos termos das demais empresas não optantes do SN e recolhido em guia própria (ver Pergunta 6.3).
Exemplo:
A indústria, na condição de contribuinte substituto, informará receita com “venda de mercadorias industrializadas SEM substituição tributária”. Desta forma, o aplicativo de cálculo gerará o valor do ICMS próprio devido naquelas saídas. O valor de ICMS devido referente à responsabilidade por substituição tributária será calculado nos termos das demais empresas não optantes e recolhido pela indústria em Guia Nacional de Recolhimento – GNRE ou em guia própria do estado de localização do destinatário das mercadorias.
