Empresa não optante pelo simples, POREM na prefeitura enquad

Olá, caros colaboradores!

Gostaria de ajuda para solucionar uma questão:

Trabalho em uma OS(hospital) e recebemos uma nota de um tomador(Serviços Médicos) da prefeitura de S.Paulo, onde o mesmo se encontra enquadrado no Simples Nacional sem as retenções federais, porém consultando no site do Simples a empresa não foi optante pelo Simples, minha dúvida devemos reter ou não os impostos federais(IR, PCC)??

Em caso afirmativo, por favor me enviem a legislação pertinente.

Obrigado

Abs.,