Maria de Lourdes
Tendo sido constatado o erro, o melhor a se fazer é RETIFICAR todos os períodos calculados de forma errada.
O Anexo IV, implica o recolhimento do INSS patronal. Como seus impostos estavam sendo calculados no anexo III, provavelmente essa contribuição não foi recolhida, além disso a Sefip também deve ter sido informada de maneira errada. Refaça as apurações, as declarações e Sefips, e recolha as diferenças que couberem. Você poderá também verificar a possibilidade de restituição/compensação do Simples pago a maior.
Deixar as apurações anteriores como estão te sujeita a ser penalizada com multas de ofício em caso de fiscalização, o que com todo certeza não é interessante para sua empresa.
A fisco atualmente tem todas as informações necessárias a mão, o simples cruzamento dos CNAE's cadastrados no seu CNPJ com as apurações realizadas no PGDAS, já é o suficiente para detectar a irregularidade. Apesar do colocado pela colega Thaís Scalabrini, retificadoras não são chamarizes de fiscalização, mas sim a auto regularização por parte do contribuinte. O que na realidade só traz benefícios, evitando multas de ofício, multas por obrigações acessórias com informações incorretas... e por aí vai.
Procure seu contador e peça que o mesmo faça as correções. Você pode inclusive negociar com ele a responsabilidade por encargos no atraso do recolhimento do INSS patronal, já que o erro foi dele.