Qual documento emitir para transportes em parceria?

Um amigo montou uma pequena empresa, estou trabalhando com ele, é uma transportadora, e estamos tendo muitas dúvidas.

1 - A empresa fica no Rio de Janeiro, e temos parceria com uma outra transportadora de são Paulo, a empresa parceira traz suas cargas de São Paulo e deixam conosco aqui no Rio, e nós distribuímos a carga para eles, a dúvida é: Como deve vir o CTE do parceiro, constando nossa empresa como Redespacho/recebedor? A gente recebe, assina o CTE dele e emiti o nosso CTE para entrega no destino? Não seria cobrança de imposto duplicada? Atualmente o CTE não vem com informação nenhuma da nossa empresa, apenas entregamos com o mesmo CTE do parceiro, e emitimos uma minuta só para constar no meu sistema o transporte.

2 - A Parceira coletou para mim uma carga em São Paulo, como deve vir o CTE deles, a carga ficará na minha unidade e eu entregarei no meu cliente. Não posso entregar com o CTE do parceiro, preciso emitir meu próprio CTE para entregar no meu cliente aqui no Rio, como o CTE do parceiro deve vir, como eu sendo o destinatário da carga?

3 - Precisa emitir alguma NF depois do transporte, para fazer a cobrança?