Boa tarde Alexandre,
Pela sua colocação não sei se poderia abater as ultimas, pois não são valores iguais. A não ser que apresente toda a documentação na receita e eles recalculem novamente.
Os valores não devem ser exatamente iguais para que sejam "aproveitados/diminuídos" das parcelas finais.
A Receita Federal não vai necessariamente "diminuir uma parcela final" porque uma outra parcela (inicial) foi paga em duplicidades, não se trata de trocar uma parcela pela outra.
Ela irá considerar apenas valores. Você passou a ter um crédito "x" formado por várias parcelas pagas em duplicidade, que servirá para quitar um determinado número de parcelas finais e provavelmente apenas parte de uma delas.
Estas instruções acerca dos pagamentos a maior ou em duplicidade, estão contidas no Manual de Negociação - Lei 12996/2014 e norteiam, desde há muito, as atitudes da Receita neste sentido. Analogamente se você, por exemplo, tem um parcelamento (mesmo que com pagamento em dia) junto a Receita e em determinado ano tem imposto a restituir quando da apresentação de Declaração (DIRPF) ela não o restitui e lhe manda um comunicado onde afirma que o crédito em questão será abatido das ultimas parcelas do referido parcelamento.
Em outras palavras: Ela não lhe dá o crédito em espécie se você tem débitos, mesmo que vincendos, junto a ela. Tem lógica (a meu ver) incontestável.
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