Bom dia Andreia,
No seu caso a empresa vendeu um imóvel que valia R$ 421.000,00 por R$ 3.000.000,00 sendo uma parte em dinheiro e outra com uma permuta de outro imóvel, o Dec. 3.000/99 art. 121 não isenta a empresa de não pagar o ganho de capital, justamente por você ter recebido uma parte em dinheiro como parte do pagamento, a chamada torna.
Dec. 3000/99 no art. 418 e art. 121
Art. 418. Serão classificados como ganhos ou perdas de capital, e computados na determinação do lucro real, os resultados na alienação, na desapropriação, na baixa por perecimento, extinção, desgaste, obsolescência ou exaustão, ou na liquidação de bens do ativo permanente (Decreto-Lei nº 1.598, de 1977, art. 31).
§ 1º Ressalvadas as disposições especiais, a determinação do ganho ou perda de capital terá por base o valor contábil do bem, assim entendido o que estiver registrado na escrituração do contribuinte e diminuído, se for o caso, da depreciação, amortização ou exaustão acumulada (Decreto-Lei nº 1.598, de 1977, art. 31, § 1º).
Art. 121 Na determinação do ganho de capital, serão excluídas (Lei nº 7.713, de 1988, art. 22, inciso III):
II - a permuta exclusivamente de unidades imobiliárias, objeto de escritura pública, sem recebimento de parcela complementar em dinheiro, denominada torna, exceto no caso de imóvel rural com benfeitorias.
Espero ter ajudado.