Taxa de entrega

Bom dia,

Trabalho com clientes do simples nacional, estes clientes trabalham com entrega de mercadoria , no sistema tratamos da seguinte maneira: a "taxa" de entrega é um produto, porém vinculada a serviços e com seus impostos devidos, emitir cupom fiscal sai esta "taxa" como se fosse um produto.
Alguns clientes além de cupom fiscal, vendem com NF-e e nesta também é utilizado o produto "taxa".
Alguns clientes estão questionando que não poderão mais trabalhar desta maneira e que este valor de taxa deve ser inserido como frete no cabeçalho da nota.
Esta informação procede? Se procede, qual seria a maneira correta de trabalhar com NFC-e e NF-e?