Boa noite Felipe,
Lê-se no Artigo 647 do Regulamento do Imposto de Renda Decreto 3000/1999 que:
Art. 647. Estão sujeitas à incidência do imposto na fonte, à alíquota de um e meio por cento, as importâncias pagas ou creditadas por pessoas jurídicas a outras pessoas jurídicas, civis ou mercantis, pela prestação de serviços caracterizadamente de natureza profissional (Decreto-Lei nº 2.030, de 9 de junho de 1983, art. 2º, Decreto-Lei nº 2.065, de 1983, art. 1º, inciso III, Lei nº 7.450, de 1985, art. 52, e Lei nº 9.064, de 1995, art. 6º). (eu grifei)
O artigo por si só dispensa comentários, pois claro está.
Se "estão sujeitas à incidência do imposto na fonte as importância pagas ou creditadas" não há mais o que se discutir sobre a anotação e diminuição deste valor na Nota Fiscal de Serviços da prestadora.
Mesmo que a prestadora dos serviços nada mencione em sua Nota Fiscal, a tomadora deve conhecer a lei (que não foi feita apenas para a primeira), "descontar" e recolher o imposto de renda retido, já que está obrigada a fazê-lo.
Face ao exposto, não entra no mérito da questão se é obrigatória (ou não) a anotação das retenções dos impostos e contribuições incidentes sobre a prestação do serviço em questão.
É ponto pacifico de discussão que a tomadora está obrigada por determinação legal a reter e recolher o imposto na fonte quer esteja anotado (ou não) na Nota Fiscal. Se assim não fosse, seria bastante não efetuar a referida anotação para que a lei deixasse de "valer" para a tomadora dos serviços.
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