EFD Contribuições

No caso de empresas com filiais, como é feita a unificação ou consolidação dos arquivos de todas as filias em um único arquivo consolidado no CNPJ da Matriz? De que é a responsabilidade para fazer isso, da empresa, do sistema ou da Contabilidade? Existe algum programa que faz isso?
Existem também o caso dos postos Ipiranga, onde se usa o sistema Wincash na loja de conveniência e no JET OIL e um outro sistema para a pista, assim são gerados dois arquivos também precisam ser unificados. Como está entrando um cliente que abrange as duas situações, preciso saber como resolver o impasse. Se houver legislação sobre o assunto, seria interessante saber a respeito.
Obrigado.