Contratação de Serviço para a filial/matriz - CNPJ

Bom dia, Pessoal!

Estou com um dúvida e gostaria de melhorar meu entendimento.

Exemplificando: Uma empresa com dois CNPJ's, sendo um matriz e outro filial, ao contratar um serviço prestado na filial, recebeu NFS-e do prestador com o cnpj da empresa matriz.

Sabem se terei algum problema em fazer o pagamento pela filial, sabendo que o cnpj de emissão da nota é o da matriz?

Obrigado!

Acredito não haver problema, pois os impostos são recolhidos pela matriz, embora, o correto deveria ter sido a nota direcionada a filial, pois foi a mesma que prestou.