Prezado André, bom dia.
Creio que a base legal seja o art. 51 da resolução 94/2011 que diz:
Art. 51. Atendidos os requisitos para a concessão do parcelamento, será feita a consolidação da dívida, considerando-se como data de consolidação a data do pedido.
A consolidação da dívida no minha concepção é o ato ou efeito de unir, reunir, somar débitos iguais ou não, multa, juros de forma a criar um montante único objeto de parcelamento, ou seja, eu tinha 10 débitos hoje tenho apenas 1 e parcelado.
Se efetuo o pagamento de um débito objeto de uma consolidação, não vai desfazer a consolidação que permanecerá, no meu entendimento com os mesmo valor, conforme § 1º do mesmo art. 51:
§ 1º Compreende-se por dívida consolidada o somatório dos débitos parcelados, acrescidos dos encargos, custas, emolumentos e acréscimos legais, devidos até a data do pedido de parcelamento.
Atenciosamente,