IR sobre aluguel

Boa tarde.

Estou com uma dúvida,a empresa que eu trabalho paga aluguel de uma sala para pessoa física e todo mês fazemos a retenção de IR sobre o boleto de aluguel, mas esse mês eles descontaram uma “Taxa de reforma” dando um desconto para empresa por melhorias que o pessoal fez na sala, um desconto no aluguel.
O que ocorre é que o valor do aluguel com esse desconto fica abaixo do que é obrigatória a retenção, então eles não informaram o valor do imposto no boleto, ou seja disseram que como a empresa está pagando com desconto não há retenção de IR.
Isso está correto?
Fiquei na dúvida pois achei que o valor do IR é sobre o valor do aluguel que pagamos todo mês independente de descontos, o valor que ficou no contrato.

Desde já agradeço pela ajuda!