Compra de mercadorias com substituição tributária e a venda

Bom dia,
Sou proprietário de um pequeno açougue, no Espirito Santo, cadastrado no simples nacional, com receita bruta acumulada em torno de 190 mil.
Grande parte das mercadorias que compro são de Fora Minas Gerais e São Paulo.

Quando compro a mercadoria , ela vem com CFOP 6401 - Venda mercadorias Substituição Tributária.
Quando vendo a mercadoria, por ser simples nacional, pago a alíquota unica de 5,47%.

Minha dúvida é, quando compro mercadorias com Substituição Tributária, eu tenho que pagar imposto duas vezes? Na compra ( a substituição tributária) e na venda ( 5,47 do simples nacional)?

Podem me explica como funciona, procurei meu contator e não obtive respostas.

Prezado, bom dia.
Quando você compra mercadorias que venham com CFOP 6.401, sua posterior saída (sua venda) terá que ser com CFOP 5.405 (dentro do estado).
Como você mesmo mencionou são mercadorias que são ST, neste caso para fins de apuração dos impostos você deverá desconsiderar a aliquota de ICMS (pois já foi pago anteriormente)

EX: Sua empresa esta com faturamento acumulado dos últimos doze meses em 190.000,00 sua alíquota será de 5,47% (-) 1,86% (referente ao ICMS) = 3,61% sobre suas vendas.

Muito obrigado pela resposta.
Minhas vendas são realizadas somente por cupom fiscal ECF, raramente emito nota fiscal eletrônica.

Neste caso, como devo proceder?
Em mercadorias compras sem ST, devo pagar o valor integral de 5,47?

Na configuração do seu ECF tem uma opção para tributar as vendas com ST e sem ST, veja com sua assistência se esta configurado corretamente.

Vendas que não são ST deverá pagar o valor integral de 5,47%.