João Fernandez,
Não. A legislação do Pis/Cofins permite que você desconte os créditos e, da base de cálculo, o ICMS e os pedágios (quando destacado no CTRC) pagos nas operações.
O ISS não pode ser deduzido, de acordo com as instruções:
Para fins de determinação da base de cálculo, podem ser excluídos do faturamento, quando o tenham integrado, os valores: (Lei nº 10.637, de 2002, art 1º, §3º e Lei nº 10.833, de 2003, art. 1º, § 3º; IN SRF nº 247, de 2002, art. 24):
1. das receitas isentas ou não alcançadas pela incidência da contribuição ou sujeitas à alíquota 0 (zero);
2.das vendas canceladas;
3.dos descontos incondicionais concedidos;
4.do IPI;
5.do ICMS, quando destacado em
nota fiscal e cobrado pelo vendedor dos bens ou prestador dos serviços na condição de substituto tributário;
6.das reversões de provisões e das recuperações de créditos baixados como perdas, que não representem ingresso de novas receitas;
7.dos resultados positivos da avaliação de investimentos pelo valor do patrimônio líquido;
8.dos lucros e dividendos derivados de investimentos avaliados pelo custo de aquisição, que tenham sido computados como receita; e
9. das receitas não-operacionais, decorrentes da venda de bens do ativo permanente;
10.das receitas de revenda de bens em que a contribuição já foi recolhida pelo substituto tributário;
11.das receitas excluídas do regime de incidência não-cumulativa, constantes do art. 10 da Lei nº 10.833, de 2003.
Att.
Ricardo.