Oi Rogério
Vc está dizendo que em um mês a empresa pagou o IRPJ e CSLL calculados pela estimativa mensal menor do que deveria ter sido recolhido. Neste caso, não há ajuste que possa ser feito, a empresa deverá recolher a diferença em atraso.
Agora, na segunda parte da sua pergunta, parece que vc está dizendo que a empresa pagou a mais, certo? E por isso gostaria de recuperar estes valores. Pelo que eu sei, como estamos tratando de estimativa mensal, que os pagamentos são considerados antecipações do imposto devido no final do ano, e por isso a empresa terá que aguardar até o final do ano, calcular o imposto devido e abater as antecipações que foram pagas. O que sobra será saldo negativo de IRPJ e CSLL que poderá ser compensado com outros tributos, pois como vc mesmo disse, a MP 449 nao permite a compensação das antecipaçoes mensais de IRPJ e CSLL pagas por estimativa.
Espero ter ajudado, mas como o Santiago comentou, sua pergunta se contradiz, uma hora fala que foi recolhido a menor e depois que foi recolhido a maior. Te respondi o procedimento nos dois casos.