retencao inss em nota fiscal de serviço construcao civil

Bom dia Pessoal!!
Gostaria da ajuda de vocês, pois estou com seguinte problema referente a retenção de INSS na nota fiscal de serviço, tenho uma empresa que presta serviços com maquinas e equipamentos ref. a serviços de terraplanagem e locação de maquinas com mão de obra, esses serviços são prestados na grande maioria para órgão públicos ( prefeitura).
Estamos com o seguinte problema a empresa emite as notas destaca o INSS 11% na nota fiscal, envia a prefeitura, porem as prefeituras demoram 3 a 4 meses para pagarem essas notas e quando pagam estão pagando a nota cheia sem descontar o valor do INSS retenção que é de obrigação dela reter.
O maior problema é que exemplo uma nota fiscal de 05/2016 que recebo em setembro o fato gerador e vencimento da guia de retenção foi 20/06/2016 e as prefeituras como não estão fazendo essa retenção não estão pagando a guia e nós descobrimos isso quando a prefeitura paga. O maior problema é que informamos essa retenção em GFIP la no mês 05/2016, compensando esse valor do INSS a pagar e essa guia não esta sendo paga pelo tomador. Hoje temos feito o seguinte procedimento, fazemos a guia e recolhemos por conta própria, porém esta gerando juros e multas para empresa, devido a ter esse conhecimento somente quando receber a nota fiscal que esta sendo 3 ou 4 meses apos o vencimento do imposto.
Gostaria de saber de vocês o que podemos fazer quanto a isso? Será que se a empresa deixar de colocar a retenção do INSS na nota fiscal de serviço terá problema futuros com o fisco ?

Com certeza Leonardo, pois a falta do destaque pela contratada do valor da retenção quando da emissão da nota fiscal, fatura ou recibo, constitui infração ao § 1º do artigo 31 da Lei 8.212/91, com a redação dada pela Lei 9.711/98.