Saiu do Simples e não tem nota fiscal de saída batendo com a

A empresa ultrapassou os 3.600.000 ( chegou a 4.326.000) no ano passado e a sefaz diz que saiu do simples, mas a empresa paga até hoje o das, tudo normal.
As contas de entrada também não estão batendo com as de saída e o auditor diz que deve-se calcula o ano passado todo com regime normal (não no simples).
Como proceder?
Tem como corrigir o fato de não ter comprovação fiscal (nota de saída) do ano passado?
Realmente saiu do simples?
Quais tributos vão ser pagos?