Rafaela,
Dei uma pesquisada na internet e veja no link abaixo uma possível solução para o seu caso:
suportecplus.wordpress.com
Possivelmente a sua operação é de saída e você está utilizando um CST relacionado à operação de entrada. Se for isso, e a sua saída é com PIS/COFINS à alíquota zero, tente utilizar o CST 06 - Operação Tributável à Alíquota Zero. Nesse caso você terá que preencher também o campo Natureza da receita. A tabela com os códigos de natureza da receita relacionados ao CST 06 podem ser encontrados no link abaixo:
http://sped.rfb.gov.br/arquivo/show/1643
Confere na tabela que provavelmente você terá que utilizar o código 121 para a natureza da receita.
Veja se agora resolve o problema