Lazaro, bom dia!
A resposta à sua dúvida está na Resolução CGSN 94/2011, nos artigos abaixo.
Art. 17-A. Na hipótese de cancelamento de documento fiscal, nas situações autorizadas pelo respectivo ente federado, o valor do documento cancelado deverá ser deduzido no período de apuração no qual tenha havido a tributação originária, quando o cancelamento se der em período posterior. (Redação dada pelo(a) Resolução CGSN nº 129, de 15 de setembro de 2016)
§ 2º Na hipótese de nova emissão de documento fiscal em substituição ao cancelado, o valor correspondente deve ser oferecido à tributação no período de apuração relativo ao da operação ou prestação originária. (Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 2º, inciso I e § 6º; art. 3º, § 1º) (Incluído(a) pelo(a) Resolução CGSN nº 109, de 20 de agosto de 2013)
Att
Juliano