Boa tarde colega,
Sim, você deverá reter os tributos.
Mas ai vem a pergunta, Por que?
Pois de acordo com o Decreto nº 3.000 de 1999 (RIR/99 - Regulamento do Imposto de Renda) em seu artigo, especifica que, os serviços de medicina prestadas por ambulatórios, estão sujeitos à incidência de IR, não serviços em ambulatórios:
CAPÍTULO II
RENDIMENTOS DE PESSOAS JURÍDICAS SUJEITOS A ALÍQUOTAS ESPECÍFICAS
Seção I
Rendimentos de Serviços Profissionais Prestados por Pessoas Jurídicas
Pessoas Jurídicas não Ligadas
Art. 647. Estão sujeitas à incidência do imposto na fonte, à alíquota de um e meio por cento, as importâncias pagas ou creditadas por pessoas jurídicas a outras pessoas jurídicas, civis ou mercantis, pela prestação de serviços caracterizadamente de natureza profissional (Decreto-Lei nº 2.030, de 9 de junho de 1983, art. 2º, Decreto-Lei nº 2.065, de 1983, art. 1º, inciso III, Lei nº 7.450, de 1985, art. 52, e Lei nº 9.064, de 1995, art. 6º).
§ 1º Compreendem-se nas disposições deste artigo os serviços a seguir indicados:
1. administração de bens ou negócios em geral (exceto consórcios ou fundos mútuos para aquisição de bens);
2. advocacia;
3. análise clínica laboratorial;
4. análises técnicas;
5. arquitetura;
6. assessoria e consultoria técnica (exceto o serviço de assistência técnica prestado a terceiros e concernente a ramo de indústria ou comércio explorado pelo prestador do serviço);
7. assistência social;
8. auditoria;
9. avaliação e perícia;
10. biologia e biomedicina;
11. cálculo em geral;
12. consultoria;
13. contabilidade;
14. desenho técnico;
15. economia;
16. elaboração de projetos;
17. engenharia (exceto construção de estradas, pontes, prédios e obras assemelhadas);
18. ensino e treinamento;
19. estatística;
20. fisioterapia;
21. fonoaudiologia;
22. geologia;
23. leilão;
24. medicina (exceto a prestada por ambulatório, banco de sangue, casa de saúde, casa de recuperação ou repouso sob orientação médica, hospital e pronto-socorro);
25. nutricionismo e dietética;
26. odontologia;
27. organização de feiras de amostras, congressos, seminários, simpósios e congêneres;
28. pesquisa em geral;
29. planejamento;
30. programação;
31. prótese;
32. psicologia e psicanálise;
33. química;
34. radiologia e radioterapia;
35. relações públicas;
36. serviço de despachante;
37. terapêutica ocupacional;
38. tradução ou interpretação comercial;
39. urbanismo;
40. veterinária.
§ 2º O imposto incide independentemente da qualificação profissional dos sócios da beneficiária e do fato desta auferir receitas de quaisquer outras atividades, seja qual for o valor dos serviços em relação à receita bruta.
Continuando, além do IR, deverá reter também a CSRF ( Pis, Cofins e CSLL), por força da lei 10.833/2003 que em um de seus artigos, estabelece que serviços profissionais (conforme lista àcima) pagos à outra pessoa jurídica, a tomadora do serviço deverá efetuar a retenção:
Art. 30. Os pagamentos efetuados pelas pessoas jurídicas a outras pessoas jurídicas de direito privado, pela prestação de serviços de limpeza, conservação, manutenção, segurança, vigilância, transporte de valores e locação de mão-de-obra, pela prestação de serviços de assessoria creditícia, mercadológica, gestão de crédito, seleção e riscos, administração de contas a pagar e a receber, bem como pela remuneração de serviços profissionais, estão sujeitos a retenção na fonte da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido - CSLL, da COFINS e da contribuição para o PIS/PASEP.
Espero ter ajudado.
Att