Aplicação de impostos sobre uma empresa júnior

Olá, desde já agradeço quem puder ajudar. Sou trainee em uma empresa júnior de engenharia elétrica, e estou no setor de adm. financeiro. Preciso realizar uma tarefa de precificação, um orçamento e um contrato. O problema, é que estou com dúvidas a relação a precificação sobre os serviços da empresa, mão de obra etc. Tenho um arquivo de apoio que relata que não está isento sobre os impostos do INSS, IRRF, e isso depende do pagamento do autônomo. Também tenho a informação que EJ cobram 70% mais barato que as Empresas Sêniores. Como avanço com estes dados? Pois como uma empresa sem fins lucrativos, contratamos autônomos para a realização deste serviço? A mão de obra, é so cobrar 70% mais barato do que outras empresas?

Quem puder ajudar, muito obrigado, estou meio perdido nesta área.