Bom dia Priscila,
Opção 1 = Devolução da mercadoria;
Opção 2 = Você deve enviar uma Comunicação de Irregularidade por escrito ao cliente, informando o erro ocorrido e solicitando que ele tome o crédito de IPI (se for de direito) apenas sobre o valor correto (ou zero se a NF for só desse item).
Você deverá ainda ofertar uma Nota de Crédito para o cliente no valor cobrado a maior, visto que o desconto não mais será possível.
E por fim deverá solicitar um comunicado formal do Cliente, narrando o ocorrido e também afirmando que não se aproveitou do credito do IPI que estava errado. De posse desse documento você poderá estornar na sua escrita fiscal o valor indevido, conforme Art. 21 da IN 1300/12. Muito importante manter arquivado toda essa documentação, inclusive a Nota de Crédito para eventuais questionamentos futuros.
Acredito que antes de mais nada é importante negociar toda essa operação de correção com o cliente.
Abçs.