Desqualificação de produto

Bom dia.

Tenho a seguinte situação:

Meu cliente compra e vende sucata de metal por Kg.
Ao receber a mercadoria do fornecedor dele, é feita a repesagem do material e geralmente é feita a desqualificação do material por conta de água junto do material (que aumenta o peso do caminhão), óleo e impurezas como plástico e concreto que vem junto à sucada de metal.

Gostaria de saber como eu efetuo a baixa do valor que entrará no estoque e o embasamento legal para isso.
Abaixo segue um exemplo.


Nota fiscal do fornecedor: 12.000 Kg de sucata de ferro R$ 1,00/Kg Total R$12.000,00

Pesagem do material na entrada: 11.000 Kg de sucata R$1,00/Kg Total real que entrará para o estoque R$ 11.000,00

Essa diferença de R$1.000,00 tenho que efetuar a baixa do estoque e não sei como fazer.