Empresas com problemas fiscais

Boa tarde colegas contadores,
Estou começando minha atuação como contador e estou com algumas coisas pra resolver.
Estou com um cliente que tem 2 CNPJs ,ambos cadastrados no Simples Nacional. (1-prestador de serviços de engenharia 2- Industria e Confecção de roupas).
CNPJ 2 - Ativo desde janeiro,não possui conta bancaria e nunca emitiu notas fiscais.
CNPJ 1 - Ativo desde junho/16, possui conta bancaria e emite uma nota fiscal por mês da prestação de serviço.
Agora o problema: o CNPJ 1 efetuou a compra de matéria prima e imobilizado que hoje é utilizado no CNPJ 2. (É possível fazer transferência entre as empresas? )
Segundo problema : O CNPJ 1 recebe em sua conta todo o faturamento do CNPJ 2 que fez vendas sem notas desde janeiro. (gostaria de saber meios legais de reconhecer essas vendas e segregar as receitas e deixar as empresas corretas com o fisco).
Já estou ciente dos possível crimes contra a ordem tributaria e a falta de impessoalidade entre as empresas, gostaria de discutir possíveis soluções dentro da legislação vigente, amanhã tenho uma visita a receita federal para me informar melhor. Alguém pode me ajudar ?

Caro Gustavo,

Vou te passar o que eu feria, entendimento pessoal... Primeiro problema, emitir uma nota de venda do CNPJ 1 para o 2 da matéria prima que está sendo utilizada em empresa errada.
Problema 2 : abrir uma conta para a empresa 2 receber o seu faturamento.

Duvida... o CNPJ 2 emite um nota por mês? a legislação de seu município permite isso? Não teria de emitir notas para os serviços executados?

Sugestão... Se reúna com seu cliente e explique que são duas empresas e não pode misturar as estações.