Emissão NF-s Sem Formalização do Simples Nacional

Boa Tarde,

Tem uma pergunta bem parecida, porém não responde minha dúvida.

Abri uma empresa de Serviços Médicos, solicitei a opção de Simples Nacional, porém ainda vai levar alguns dias para formalização do pedido.
Porém, preciso emitir NF-s para o Hospital na qual o Cliente presta serviços. O Hospital por sua vez, fez a retenção dos impostos devidos (presumido pois o pedido do Simples ainda não foi deferido).
Quando sair o deferimento que será retroativo a data da solicitação, como devo proceder, pois vou pagar o imposto sobre o faturamento conforme tabela do Simples Nacional, sendo que os mesmos já foram retidos pelo hospital na qual vai realizar o pagamento líquido já descontando os impostos.

Gostaria de uma orientação, pois o hospital teria que recalcular o valor a pagar, para não ter que pagar o imposto 2 vezes.
Se tiver algum embasamento legal, agradeço.


Att,

Juliana