Retenção de IR e PIS/Cofins/CSLL não realizado pelo tomador

Prezados Colegas

Gostaria de solicitar uma orientação de vocês a respeito do seguinte assunto:

Um determinado cliente emitiu uma nota fiscal de serviços médicos onde destacou na mesma os valores a serem retidos de IRRF e PIS/Cofins/CSLL. O serviço foi prestado a uma prefeitura municipal que no ato do pagamento tem o hábito de não efetuar os descontos dos valores informados para retenção na nota fiscal, ou seja, sempre efetua o pagamento pelo valor total da nota fiscal.

No meu entendimento, estou pensando em efetuar o cálculo dos impostos sem levar em conta os valores que deveriam ter sido retidos. Mas fico na dúvida se seria um procedimento correto. Outra dúvida seria em relação aos códigos de recolhimento nesses casos. Peço a gentileza de me auxiliarem se possível.

Atenciosamente