Cancelamento de Frete ou Anulação.

Olá a todos,

Temos uma empresa no Regime de Lucro Presumido que emitiu em CT-e no dia 19/09/2017 para seu cliente e no dia 25/09/2017 emitiu uma Ct-e complementar, o seu cliente por sua fez disse que a CT-e complementar havia sido encaminhada fora do prazo estipulado e por isso deveria emitir uma nova CT-e dentro do mês 10/2017 referente a complementação, então o cliente da nossa empresa emitiu uma NF-e de ANULAÇÃO DE VALORES.

Gostaria de saber se o procedimento por esse cliente foi o correto e qual seria o proceder da escrituração da nossa empresa já que meu cliente pagou os impostos do mês 09/2017 sobre essa nf?!
Existe alguma regulamentação referente a esse tipo de caso que eu possa ter conhecimento?!
Caso isso não possa ser feito qual seria o procedimento a ser tomado agora que o Cliente já emitiu a NF-e?!

Para quaisquer duvidas estou a disposição.