Diogo, boa tarde.
Realmente, MEI é dispensando do envio de GFIP. Acontece que, ao se formalizar como MEI, o CNPJ do mesmo entra na base de dados da RFB e como você bem observou, como não há transmissão, ocorre a ausência de entrega da GFIP em relação ao mês de início de atividade e consequentemente os seguintes.
Deste modo, você tem duas opções:
1 - solicitar ao próprio empresário que se dirija até uma unidade da RFB para atualizar o cadastro previdenciário com a informação de MEI e retirada das pendências de ausência de declaração ou;
2 - (o que aconselho e faço, inclusive) transmita você mesmo a GFIP do 1º mês no qual se apresenta ausência e caso não haja nenhum intervalo, todos os meses ausentes serão eliminados e o relatório ficará sem pendencias.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."