Simples Nacional X Prefeitura SP

Bom dia

alguém teve a situação da prefeitura de SP, enviar cobranças ref. o ISS do Simples Nacional?

tenho dois clientes, um não pagou o Simples Nacional, está com débitos e aguardando se sai um novo parcelamento viável, pois o que tem não tem condições de entrar, só que recebeu uma notificação da prefeitura de SP, cobrando os ISS dos períodos que não pagou o Simples Nacional, carta dizendo da cobrança, divida ativa etc,

neste caso, ele fazendo parcelamento na receita, a prefeitura não deveria cobrar certo? a receita federal que mande as informações correto?

outro cliente, também tem débitos, só que ao receber a notificação da prefeitura, foi lá e pagou tudo, assim, como fazer? já que a guia do Simples Nacional inclui o ISS, tem de gerar tudo novamente sem o ISS?

recebe cobrança da receita federal e prefeitura, sendo que a receita que fica com o pagamento, um caos não?

abraços