Olá Giulliane Viudes
Creio que o fato de ter folha de pagamento ou não, não influencia em qual Anexo a empresa irá se enquadrar, certo?
Por isso as diferenças estão:
PRESTAÇÃO DE SERVIÇO - ANEXO III - O serviço de instalação de equipamentos de informática e programas de computador será tributado mediante aplicação das alíquotas constantes do Anexo III da Lei Complementar nº 123/2006.
PRESTAÇÃO DE SERVIÇO - ANEXO V - Conforme alteração realizada pela Lei Complementar nº 155/2016, na redação da Lei Complementar nº 123/2006, a atividade intelectual, de natureza técnica, que constitua profissão regulamentada ou não, desde que não sujeitas à tributação na forma dos Anexos III ou IV, será tributada no anexo V, no entanto a tributação ocorrerá no anexo III quando o FATOR R for igual ou superior a 28%.
Você precisa sentar com o Empresário e definir.
No seu caso, caberia até mesmo uma simulação.